Applied Biosystems 的SOLiD 算是NGS技術平台中聲音比較小的，他沒有Solexa 高通量的優勢，也不像 GS FLX 有長度的優勢，在以力服人的定序界，他賣相不是那麼特出。但他有些不能忽視的強項，還是值得要介紹一下，我們先來看一下影片:
##ReadMore##SOLiD 的放大及分離方式是emPCR，反應後的珠珠固定玻璃載體上，然後進行序列的讀取，參見下圖：圖片引用自(這裡)
他讀取訊號的方法很特別，是使用接合的方式，我不確定為什麼 SOLiD會使用這麼複雜的方式，是基於專利迴避還是為了提昇準確度，Anyway, 讓我們花一點時間解釋:
1. 使用unversal primer 1 開始，然後第一個 diBase (AT) probe 以ligase 接上，probe 依前兩個base, 標上螢光(右上角所示）.
2. 讀取螢光訊號
3. phosphotase 除去沒有成功ligation的fragemnt, 讓他們在之後的反應，永遠閉嘴
4. 切掉末端螢光（所以現在probe 還剩下前兩個AT及三個留下來的base)
5. 然後重複 1-4 的步驟
6. 把由universal primer1串接的片段，洗掉，再用 universal primer 2 再來一次 1-5，primer2 的起始位置較primer1, 向後一格，所以diBase probe的配對組合就不同了。
7. diProbe 每次接上去 5 bp, 所以用 5 個 primer set, 就可以唸到每一個base,
8. 最後的結果就像表格所畫的那樣，請注意看喔！每一base(欄)都有會被兩個diProbe唸到，例如base no.1 會被primer 1,2 讀到，base no.2 是primer 1,5.
接下來說解碼，雖然diProbe 共有 4 x 4 種組合，但是一共只用了4種螢光，所以有四種DiProbe是發同一種螢光，這不會搞混嗎？
巧妙的地方就在那這裡了，回想一下上圖的8，diProbe會交叉頭尾，那如果我們知到1st Code是AT,那麼第二個Code一個是T?，那就不是4x4 而是1x4，那用四種螢光就可唸出來了．
那麼第一個Code怎麼辦？紅色有AT, CG, GC,TA 四種組合，我們怎麼知道那一個？
這個隱藏關卡在primer 2, 有沒有注意到 primer 2倒退了一個，所以第一個base 是unversal primer 的最後一個base, 這個序列我們知道，那所有的問題就全解決了。 還看不懂嗎？
呵，請參見下圖
SOLiD 獨殊的讀取方式，讓他每個鹼基都經過兩次的確認，因而大幅提高了正確率，這在再定序及SNP有很重要的意義，因為這些應用上，要看的差異常在一個鹼基上，正確率的價值無可取代，另外反應的耗材成本而言，其實SOLiD的單位成本是目前三種系統中最低的，如果你的實驗目的是再定序或SNP，SOLID是非常好的選擇。 但他的缺點是因為獨特讀取方式，所以單一READ的長度是三種平台中最短的50bp，並且似乎也不像其他系統有積極增長的企圖，這個長度對無參考序列的基因體組合是很大的問題。我個人猜測ABI 並不是不明白這個弱點，只因為天生限制，既然如此就不必以己之短攻人之長，專注在再定序的市場就好，至於全基因體定序，現有的平台都不夠好，不如壓注下一階段的定序技術。
有關SOLiD 的技術，很草率的介紹完了，並不是看不起它，而是Lucas 最近體悟到了現今的NGS還沒有到可用的階段，真正的主角還沒登場，所以就有點意態闌珊了，有機會再來跟大家聊聊Lucas 對NGS 的想法。
##ReadMore##SOLiD 的放大及分離方式是emPCR，反應後的珠珠固定玻璃載體上，然後進行序列的讀取，參見下圖：圖片引用自(這裡)
他讀取訊號的方法很特別，是使用接合的方式，我不確定為什麼 SOLiD會使用這麼複雜的方式，是基於專利迴避還是為了提昇準確度，Anyway, 讓我們花一點時間解釋:
1. 使用unversal primer 1 開始，然後第一個 diBase (AT) probe 以ligase 接上，probe 依前兩個base, 標上螢光(右上角所示）.
2. 讀取螢光訊號
3. phosphotase 除去沒有成功ligation的fragemnt, 讓他們在之後的反應，永遠閉嘴
4. 切掉末端螢光（所以現在probe 還剩下前兩個AT及三個留下來的base)
5. 然後重複 1-4 的步驟
6. 把由universal primer1串接的片段，洗掉，再用 universal primer 2 再來一次 1-5，primer2 的起始位置較primer1, 向後一格，所以diBase probe的配對組合就不同了。
7. diProbe 每次接上去 5 bp, 所以用 5 個 primer set, 就可以唸到每一個base,
8. 最後的結果就像表格所畫的那樣，請注意看喔！每一base(欄)都有會被兩個diProbe唸到，例如base no.1 會被primer 1,2 讀到，base no.2 是primer 1,5.
接下來說解碼，雖然diProbe 共有 4 x 4 種組合，但是一共只用了4種螢光，所以有四種DiProbe是發同一種螢光，這不會搞混嗎？
巧妙的地方就在那這裡了，回想一下上圖的8，diProbe會交叉頭尾，那如果我們知到1st Code是AT,那麼第二個Code一個是T?，那就不是4x4 而是1x4，那用四種螢光就可唸出來了．
那麼第一個Code怎麼辦？紅色有AT, CG, GC,TA 四種組合，我們怎麼知道那一個？
這個隱藏關卡在primer 2, 有沒有注意到 primer 2倒退了一個，所以第一個base 是unversal primer 的最後一個base, 這個序列我們知道，那所有的問題就全解決了。 還看不懂嗎？
呵，請參見下圖
SOLiD 獨殊的讀取方式，讓他每個鹼基都經過兩次的確認，因而大幅提高了正確率，這在再定序及SNP有很重要的意義，因為這些應用上，要看的差異常在一個鹼基上，正確率的價值無可取代，另外反應的耗材成本而言，其實SOLiD的單位成本是目前三種系統中最低的，如果你的實驗目的是再定序或SNP，SOLID是非常好的選擇。 但他的缺點是因為獨特讀取方式，所以單一READ的長度是三種平台中最短的50bp，並且似乎也不像其他系統有積極增長的企圖，這個長度對無參考序列的基因體組合是很大的問題。我個人猜測ABI 並不是不明白這個弱點，只因為天生限制，既然如此就不必以己之短攻人之長，專注在再定序的市場就好，至於全基因體定序，現有的平台都不夠好，不如壓注下一階段的定序技術。
有關SOLiD 的技術，很草率的介紹完了，並不是看不起它，而是Lucas 最近體悟到了現今的NGS還沒有到可用的階段，真正的主角還沒登場，所以就有點意態闌珊了，有機會再來跟大家聊聊Lucas 對NGS 的想法。
延伸閱讀：
這邊在小小補充一下
回覆刪除SOLiD 的長度還可以用在 small RNA, 剛剛好!!
而且單就reads number來說, 在差不多的價位底下,SOLiD是最多的。
如果對實驗的depth較感興趣的話,倒也是個不錯的選擇,
看這三個平台就像是看三國一樣, 還滿精彩的!!