The Way to Genome Analyst

老實說,在台灣的學術界沒什麼地位,幹 Bioinformatics 這一行,當你跟其它學者們聊到你是作Bioinformatics 的,他們或許會馬上投以一個有興趣或者崇拜的表情.但當你要去申請一個計劃經費時,他們就會認為這些光說不練的傢伙,整天跟電腦宅在一起的宅男宅女們,又不作實 驗買耗材,寫寫程式自己來就好了,助理也省了,就給我們自生自滅吧!
有次幫忙接待一位美國來的學者,談起了我們這 一行,他說這一行在美國紅得不得了,起薪最少比一般的 post-Doc 高個二到三成,隨便算也是百萬年薪,難怪台灣留不住人才,有本事的早就被挖到歐美,不然就是去新加坡,剩下來沒本事的,就繼續留下來當宅男(例如正在打字 的這位).Bioinformatics 不被重視,我想這也無可厚非, 因為在以實証為基礎的科學界,Bioinformatics 能提供的只有預測,而不是鐵錚錚的實驗數據.算命的猜得的再準,也還只是一個江湖術士而已,士農工商還不知要分那一類呢?

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先知的痛苦,算命的最知道,Lucas 沒轉行是因為知道Bioinformatics  的時代一定會來臨,只是時候未到而已,如果你現在就期待Bioinformatics能做什麼,自然後覺得很失望?文章的標題是 The Way to Genome Analyst就是這個意思,我們已經看到路了,也有清楚的未來,不過也才剛剛出發而已.我們已經看到許多威力強大的工具出現了(例 如:NGS),有這樣解析度的分析能力,而且成本如莫爾定律般的以倍數下降.生命之書的全本我們已經拿到了,破譯也只是時間的問題.如同電腦的發展一樣,軟體總是遠遠落後硬體,在這個階段,我們只有成頓的資料,郤沒有分析的方法,能看的懂生命之書的異能者,還沒有出世.

目前找到最完整的人類基因調控途徑圖譜( Reactome ), 說它是人類的基因命盤也不會過.
當我想像著未現世的異能者,突然想到了一個全新的職業別 :基因體分析師(Genome Analyst).就像股市分析師從巨量的經濟數據中,去研究趨勢,尋找可以投資標 的一樣.一顆細胞內的基因交互作用,相對於全球經濟體,其複雜程度毫不遜色.基因體分析師做的不是把你混在上百個獨立樣本中,找幾個基因,把你跟你一樣倒楣的人再歸納出幾個類別,然後給你一個模菱兩可預測.他們真正的去解構複雜的資料,仔細的觀察分析人類基因體命盤,解析著所有基因間是否正常的運行著,從中了解問題的所在,然後能告訴一個"答案",細胞的程式那裡出問題了

基因體分析師的專業是很珍貴的,他們能讓為醫學界束無策的複雜找到頭緒,想像一下,如果你可以跟郭台銘說,我已經分析完了你太太的癌細胞基 因迴路了,我們確認了主 要異常的原因以及修復的方法,不過,這個答案很昂貴.你覺得這個答案值多少錢?事實上,他們將會領導未來的醫學及製藥業.
 基因體分析師眼中的生物世界,會不會也像 Matrix 一樣,由一堆流動的符號組成.
基因體分析師是個同時要擁有三四種專業的職 業,基因體分析師必須能有熟練的資料庫及程式語言的技能,才能悠遊在多如繁星的資訊中,還要有上知天文下知地理,全方面的知識及知識管理系統.更要有澄明透亮的思考能力,精通各式邏輯及統計工具,才能在無可救藥的混亂中,洞悉因果直搗核心.

很想加入這神人般的職業嗎?呵,他們還沒出現,而且正如之前說的,現在Bioinformatics的發展,離我所想像的時代,還有很遠的距離,但那個目標已經是可以想像並且看到方向的了,修練之路是很漫長的,所以Lucas 已經踏上這條分析師之路,希望在有生之年看到異能者的出世.

留言

  1. 很有趣的見解 :)

    能否再請教您更深入的問題?
    股市分析師:
    1. 股市背後有一套經濟制度與市場機制讓他發揮,或是當他發表時,他其實也在做某種程度的操控。
    2. 股市是整體性的現象,只有一個。預測成功或失敗,短則一個月,長則一年就可以客觀評斷。
    3. 要是預測不准,幾乎都會有可以解套的理由。

    基因分析師:
    1. 只能分析,無法做某種程度的操控(除非是醫生?)
    2. 每個人都是獨特的。就像算命,很容易各說各話。沒有客觀評斷的方法?
    3. 預測準或不準,都不容易評估(因為個人的健康或環境因子隨時在變)

    撇開上面這幾點,我覺得最大的問題是,基因分析比較像是演算法,
    是具有科學可重複驗證性的:給同樣的input,就會得到同樣的output。
    要是A,B兩個基因分析師所擁有的database相同,那要怎麼去區分這兩個人的能力呢?
    要讓A,B有所區別,除了把"個性","背景","環境",
    這些不容易被量化的因素加進來考量外,還可以再加入什麼因素嗎?

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  2. 您的意見很寶貴,請容許我把他公開

    股市分析師的確比較容易做, 因為怎麼說都有理, 你可以信不可以信, 他不會要你的命, 基因體分析師的責任就不一樣了,好的分析師的讓你留在人間,不好的分析師會讓你上天堂!

    回應你的問題
    1. 基因體分析師作的只有分析, 但是他負責的是決策,領導醫師們作出處置,引導藥廠做出標靶藥, 這才是真正的操控.

    2. 跟命盤不同的是, 每個基因及其交互作用都是有學理基礎,最後的趨勢預測,也必為科學的演算法的結果,基因體分析師的分析結果是客觀分析結果(當然還要加點個人經驗上的判斷,當科學不能分析一切前,個人主觀有時很有用),並不是如算命仙自由心証, 只不過,如文中所說的那些演算法,到現在還沒有被發明.

    3. 基因體分析師的責任不只是耍嘴皮,而是提出問題所在, 找出決解之道, 這個預測馬上就會在療效上看出來, 分析的準確率不目了然, 而你說的個體差異及環境因子,全部都在基因體分析的計算範圍,無法推托.

    最後一點,最重要! 我們現在大概知道了,其實基因的數量並不多, 3-40000 個而已, 這些資訊早就放在公開的資料庫中了, 生命之書不早就該被破解了嗎?但 事實上沒有, 生命複雜不在於基因的數目,而是在於其運作是由這40000基因交互作用的現象, 其複雜程度現在沒有模型可以模擬, 沒有算演法可以破解,但是並不是作不到的,至少我已經看到了一些曙光.

    分析師的好壞在於洞悉問題的能力,數學公式人人會背,但可不是每個人都會解題,未來的分析師掌握的這些模型及演算法, 可以像是MRI or CT 一般的去看到基因體不尋常之處, 有豐富的知識可以理解不尋常的原因,才能作出判斷,就像外科醫生一樣,決策的成功案例,是他們胸前的徽章。

    這仍是一個末來的職業,或許我對這樣的神人有太多的幻想,或許我太低估了生命的複雜性,不過,心中相信這個問題不單有解,而且答案出奇的簡單,所以我大膽的把他當我的理想。

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  3. 小弟對生物資訊學的了解也只是從科普文章雜誌之類獲得,
    所以以下心得若有錯誤請更正。

    個人覺得基因組之間的交互作用遲早會被找出來,但是這個問題真的複雜度很高,要找出來並不是什麼簡單的事!

    在學校跑模擬才知道,理論上的東西都是基於很多假設化簡之下才成立的。以電子電機的基礎學科電磁學來說,基本公式很簡潔,就只有Maxwell eq.的那四條方程式,可是實際要解問題的時候,考慮到邊界條件,那解的答案可能就成千上萬種了,光跑個簡單東西的全波模擬就要跑很久,如果再考慮到電磁耦合之類的效應就更複雜了!

    更何況是分子之間的交互的作用力,光一個蛋白質就要用到超級電腦去解析,更何況是由蛋白質構成的生物體,光想又更頭痛了。現在想想,有智慧能夠思考問題的人類真的可以說是奇蹟般的存在了!

    不過資訊計算的技術進步得真的很快,雖然傳統電子電路所構成的計算機已經快面臨瓶頸了,但是以雷射取代電子流的"光路"、由"疊加態"代替0與1的量子電腦,甚至由蛋白質所組成的生物電腦等技術推陳出新,雖然現在還不能實際應用,但是每個學科之間的進步都會互相帶動,希望有生之年可以看到這些科技替人類帶來的進步!!

    拜讀了您的部落格之後感覺很合拍,我個人也很喜歡科學+設計藝術的組合啦!! 期待下次的新文章,有空再過來挖挖寶!!

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  4. 板主回覆:
    您的意見很寶貴,請容許我把他公開

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