話從一個支援任務開始說起....
我們單位大老是傳說中的神眼人，就是有可以用肉眼執行資料庫搜尋及解二級結構的那種，不過，最近有一個數十萬筆資料要分析，數量實在太大了，為了避免神眼過勞熱當，所以受命幫忙分析，任務很簡單，要挑出數十筆資料中，那一些基因是只在某種組織表現的(tissue specific expressed)。
##ReadMore##這是一個看似很單純，但實作上又很模糊的問題，因為tissue specific expressed 必須要先定義，而目前並沒有一個具有公信力的資料庫來註解，所以我問了一下大老，他平常如何用神眼來看 tissue specific? 他說 UCSC genome browser 有說。
在UCSC genome browser中只要點選，Expression, 就有幾個可用的 source 來註解各種分類下的表現量。另外，在許多的 bioinformatics gateway site, (ex. GeneCard等等) 也有類似的功能。 
圖中是Genecard中，由GNF (http://biogps.gnf.org/) 提供的microarray set的分析結果， eNorthern則是由 EST summary 的結果。
如果只是看一個或少數基因，這些網站可以提供你一些初步的分析，但這些圖像只能提供你平均值，你不知在同一組織間基因表現的是否一致，統計上是不是有義意，另外，你也無法用你自己的方法來分類樣品（ex. blood v.s. neuron)，另外，如果我有一萬基因要分類，又沒有神眼的血繼限界一個一個查，再作一萬次決定，大腦也會熱當。 不過，GNF 是一個佛心來的單位，GNF data set 是公開的，所以可以從 Mouse atlas V3，human atlas Affyx HG-U95, U133A, GNF 1M/H 下載到你要原始資料，用你自己喜歡的方法處理資料，分類樣品及作統計分析，這樣就可以彈指間作完上萬個基因的分類啦！如果處理 microarray 資料不是你的專長，那你可以下載處理好的資料。基本上UCSC 跟 GeneCard 的圖都是用這個 Matrix 畫出來的，如果你也想要大量篩選，用 Excel 作一個簡單的 t-test， 設一個p-value cut off 就可以了。
上圖是利用 GNF 資料作的相關性分析，你看不同類的組織因為基因的表現相近，所以會靠在一起，是不是可以拿來當分類器呢？！呵呵，相關的應用還很多，資料人家己經奉上了，大家就不要客氣了。
我們單位大老是傳說中的神眼人，就是有可以用肉眼執行資料庫搜尋及解二級結構的那種，不過，最近有一個數十萬筆資料要分析，數量實在太大了，為了避免神眼過勞熱當，所以受命幫忙分析，任務很簡單，要挑出數十筆資料中，那一些基因是只在某種組織表現的(tissue specific expressed)。
##ReadMore##這是一個看似很單純，但實作上又很模糊的問題，因為tissue specific expressed 必須要先定義，而目前並沒有一個具有公信力的資料庫來註解，所以我問了一下大老，他平常如何用神眼來看 tissue specific? 他說 UCSC genome browser 有說。
如果只是看一個或少數基因，這些網站可以提供你一些初步的分析，但這些圖像只能提供你平均值，你不知在同一組織間基因表現的是否一致，統計上是不是有義意，另外，你也無法用你自己的方法來分類樣品（ex. blood v.s. neuron)，另外，如果我有一萬基因要分類，又沒有神眼的血繼限界一個一個查，再作一萬次決定，大腦也會熱當。 不過，GNF 是一個佛心來的單位，GNF data set 是公開的，所以可以從 Mouse atlas V3，human atlas Affyx HG-U95, U133A, GNF 1M/H 下載到你要原始資料，用你自己喜歡的方法處理資料，分類樣品及作統計分析，這樣就可以彈指間作完上萬個基因的分類啦！如果處理 microarray 資料不是你的專長，那你可以下載處理好的資料。基本上UCSC 跟 GeneCard 的圖都是用這個 Matrix 畫出來的，如果你也想要大量篩選，用 Excel 作一個簡單的 t-test， 設一個p-value cut off 就可以了。
版主您好，謝謝您的分享，讓我有一些新的啟發
回覆刪除若要看Tissue specific genes可參考http://cgap.nci.nih.gov/
資料還算完善，可惜他是用SAGE的方法。
在下想請教一下，除了BIOGPS外，是否有其他平台是整合NCBI裡GEO所有microarray的data?
謝謝您^^