馬來西亞 沙巴的 illumina user meeting day I

這幾天參加了在馬來西亞沙巴的 illumina  user meeting,為什麼要特別到國外了參加一個我們還沒有機器的使用者大會呢?實在是有隱情的。因為天天跟 microarray 打交道,其實我們其實早已經發現了, microarray probe 設計及hybridization解析力是有限制,所以其發展也只能到這裡了。這個限制不難從商業晶片的發展看出端倪,你看看最近有沒有更有威力的晶片問世? affymetrix 在 exon array 及 tiling arrary 出現後,就沒有新一代的產品了,而Agilent and  illumina 也是一樣,雖然製程上有進步,但在 probe 的設計上,其實已經沒有什麼鮮著的突破了。如今新的晶片,probe 不但變少了,而且還在一個晶片上同是塞了更多的樣品,理由無它, array 本來就不適合解析複雜的問題。而正因為如此,所以很難用一個sample來得到答案,那麼只能用更多實驗重複來補救這個不足,塞更多的樣品在一片晶片上,才能把成本壓低。


那麼,我們這些的搞基因體分析的未來在那裡呢?以現在這個時間點來看,New generation sequence (NGS)是最有希望的明日之星。不遠千里來到馬來西亞,便是來刺探NGS 目前發展的近況,決定未來發展的方向。至於NGS 未來發展以及近況,參加完會議感覺很震撼,因為台灣已經遙遙落後我們的對手,一大段距離了。關於這個嚴肅的問題,我還沒有想清楚,有些資料也還沒有收集全,但我整理好了再來跟大家報告,所以先來聊聊這次沙巴行看到一些有趣的事。


##ReadMore##距離上次長途飛行已經4年多了,連機場長什麼樣子都快記不得了,所以走錯路,停錯停車場,讓這次的沙巴行在驚滔骸浪中開始,到了機場離最後登機時間只剩下15分鐘了。不過,這樣的緊張在通關後就不復存在了,這次是跟團行動,大小事有人幫忙打理,只要上了飛機,就一切任由發落就是了。



是因為經濟不好嗎?這次坐的馬航實在點遜,餐點及服務都令人不是很滿意,突然想念華航的服務(雖然那是要賭命的)。



下了飛機,等著出關的旅客大排長龍,讓人想到峇里島,隊伍前進緩慢,中途還停了兩次電,雖然亞庇機場建築很現代化,可是軟體上好像沒有跟上。


下了飛機,交通車已經準備好了,坐上車穿過市區往會場所在的香格里拉飯店前進,馬來西亞是英式的系統,所以是左駕,沙巴洲有1.4個台灣大,但是人口比台北少,地廣人稀,出了如小鎮規摸的市中心,一路上越走越荒涼,出發前已經知道會場前不著村,很不著店,一路看來逃脫的機會渺茫。



一路上還有一些傳統的建築,高腳屋,高腳的設計可以防潮,防蟲,防獸,而房屋的下面還可以作聚會的場所,養些家禽或者停車,在熱帶多雨的馬來西亞,就連新穎的水泥建築也保留了樣的設計,可惜此行過路匆忙,沒有機會照那些高腳別墅。



經過了一個小時的車程,我們終於來到了開會的飯店,開始了軟禁的生活,雖然不自由,但是我必須承認,這次大會保留給我們的房間相當優,設備好不在話下,更讚的是我房子可是正對海灘的海景特別席,傍晚坐在房間裡特別設置的貴妃椅上,就可以享受,號稱世界三大夕陽美景之一的沙巴落日。不過,今天下年就開始下雨了,海上一片灰白。



安頓好之後,也差不多是Opening 的晚宴了,地點就在海邊,沙灘擺上了桌椅,星光下用餐,是很羅曼蒂克的,可惜天公不作美,有點微雨。





開始的火舞只是開味小菜而已,精采的還在後面,當汽油彈引然了營火(註一),宴會進入最高潮!然後,開始享用別緻的海灘晚宴,只不過,咬了一口焦黑的BBQ,心情從高潮變得有點低潮。



註一:
原本的營火設計是有那兩位拿火把的勇士,點然地上的引信,一路燒向營火,可是下了雨打濕了引信,一直點不起來,結果越點越近,最後來到了營火旁,直接點營火,結果營火汽油灑太多了,像汽油彈一樣轟然爆起火球,嚇的點火人踉嗆後跳,我想勇士腰間的獸皮應該濕了。



留言

  1. Lucas,
    很羨慕你去參加了這個會議, 我看了你的網誌才知道有這個會議,

    因為非常需要, 冒昧問一下, 能否跟你要幾個talk的投影片呢?

    Genomic and Targeted Sequencing at the Broad Institute using the Genome
    Analyzer

    Integrated analysis of genetic and epigenetic alterations in liver cancer

    Novel regulatory mechanisms in the mammalian transcriptome

    感激不盡

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  2. 謝謝您的回覆,
    我很想知道RNA-Seq的結果要怎麼分析比較妥當,
    是單純用illuminca的軟體分析呢? 還是有更複雜的分析方法?
    這些小片段要拼起來產生transcriptome, 有太多問題要解決,
    想知道人家都怎麼解決或是挑出重要的結果

    我參加過幾次ISMB都是透過poster的方式, 實在是獲益良多,
    這次的會議我太晚知道, 不然是很想去Europe或是American的其中一場

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  3. 板主回覆:
    呵,覺得有需要就爭取吧!學校有些補助,你可以透過貼 poster 或發表研究結果的方法去申請,不過,即便有些funding 自己還是要花上一大筆錢,這一方面的投資我認為是很值得,有時我們也會自費參加,走一趟視野會很不一樣,這在生涯上是很重要的。

    這次會議並沒有詳細書面資料,連 abstract 都很隨便,你說的那三場我不確定有拍到他們的slide, 我可以給你program book, 或者你想知道什麼,我看看腦子裡還有沒有殘渣可以倒給你。

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