如何在 NCBI GEO profiles database 中驗証自己的 Gene list

如果手上有一份基因清單，你想問一下別人的實驗中這些基因的表現量如何，要怎麼做呢？最簡單的方法是 NCBI GEO 去看看，看看人家的Expression profiles 是如何？剛被問到這個問題，所以就來試作一下，如果我有一個清單　（ TP53,MYC, CYP1A1, ME1）

OK, GEO profiles ( http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geoprofiles/) 可以提供各別基因的查詢，結果會把資料庫中所有GDS有出現這個基因的data 抓出來。

不過，現在我們有 4 個基因 x 38575 GDS = 154,300，我想沒有人可以用時間慢慢看，所以我們得利用一些查詢的技巧來把資料整批取回來分析。這次一次查詢四個基因，並且限縮查詢範圍到肝癌．我們在查詢列上打上：

(TP53[Gene Symbol] OR MYC[Gene Symbol] OR CYP1A1[Gene Symbol] OR ME1[Gene Symbol]) AND (hepatoma)

註：更多的查詢技巧請參考GEO說明。

現在四個基因查出來只剩 43 筆了，好多了，但是讀起來還是很痛苦，所以接著你可以按下 [Download profiles data]，他會下載一個 profile_data.txt 的檔，你可以用 Excel 打開它。

四個基因的原始讀值就會依GDS 為單位，排排站好給你看光光，連樣品的分類也列在上面了，看到這裡研究生笑了，你說說NCBI GEO 是不是幹我們這一行的好朋友！