使用DAVID找基因清單中的 Pathway

如果你手上有一個神奇基因清單，你想問一下有沒有神奇Pathway在裡面，首先你必需知道有多少基因被註解在已知的生物途徑中，最簡單的方法是用 [DAVID]。

DAVID 內建 ID 轉換的功能，支持大部份的 ID ，解決了大部份使用者最棘手的ID轉換問題，經轉換後就成為DAVID ID，可以作後續的分析了（有關如何轉換ID請參閱）。

你要做的只是把基因清單貼上：

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然後按下[Functional Annotation Tool]，DAVID會使用GO analysis 的方法，計算每個Pathway的p 值，並用p 值篩選輸出Pathway

點選 [Pathway]展開 ，再按下[Chart]就會顯示結果，不過你可能會發現一個Pathway也沒有，因為如同<前文>所說的，這樣的p-value計算有些問題，所以我通常忽略這個篩選步驟。

方法昰按上面的［option]，把 EASE門檻設為 1，就可忽略統計分析，而前面的選項是設定有多少基因在同一個pathway中出現，才顯示出來 再按[Return Using Options]，符合條件的pathway就會顯示出來。

你會發現絕大部份時間，pathway中只有少部份的基因被標示出來，這便是我說pathway 不適合用GO analysis 的方法分析的原因，在pathawy中有太多是透過非表現量的方式調控，就算這個pathway真得出現在這實驗系統中，也未必能從p-值的估算辨識出來。所以通常只有被註解到的Pathway，都值得一看，反正也不會太多。

點選個別的pathway 就會出現在清單中的基因，在pathway 的位置了，很簡單吧！

DAVID 算是我最常用的註解工具，因為他可以線上的解決ID轉換的問題，而且速度也很快，唯一美中不足的是，他只能標示基因，不能把基因變化的趨勢(up/down)一起放在圖中，在Pathway中，有些基因是抑制，有些是促進，他們誰上誰下代表著截然不同的義意，如果我們可以所有基因表現變化標示在圖上，這樣可有助於我們思考整個pathway的運作。許多付費的軟體都可以作到這樣圖，免費的也有，例如Advance Pathway Painter or Cytoscape，如果你使用的KEGG資料庫。KEGG網頁上有內建這樣的功能，不過，這些軟體操作都有點複雜，改天單獨介紹。