這幾天參加了在馬來西亞沙巴的 illumina user meeting,為什麼要特別到國外了參加一個我們還沒有機器的使用者大會呢?實在是有隱情的。因為天天跟 microarray 打交道,其實我們其實早已經發現了, microarray probe 設計及hybridization解析力是有限制,所以其發展也只能到這裡了。這個限制不難從商業晶片的發展看出端倪,你看看最近有沒有更有威力的晶片問世? affymetrix 在 exon array 及 tiling arrary 出現後,就沒有新一代的產品了,而Agilent and illumina 也是一樣,雖然製程上有進步,但在 probe 的設計上,其實已經沒有什麼鮮著的突破了。如今新的晶片,probe 不但變少了,而且還在一個晶片上同是塞了更多的樣品,理由無它, array 本來就不適合解析複雜的問題。而正因為如此,所以很難用一個sample來得到答案,那麼只能用更多實驗重複來補救這個不足,塞更多的樣品在一片晶片上,才能把成本壓低。
那麼,我們這些的搞基因體分析的未來在那裡呢?以現在這個時間點來看,New generation sequence (NGS)是最有希望的明日之星。不遠千里來到馬來西亞,便是來刺探NGS 目前發展的近況,決定未來發展的方向。至於NGS 未來發展以及近況,參加完會議感覺很震撼,因為台灣已經遙遙落後我們的對手,一大段距離了。關於這個嚴肅的問題,我還沒有想清楚,有些資料也還沒有收集全,但我整理好了再來跟大家報告,所以先來聊聊這次沙巴行看到一些有趣的事。
##ReadMore##距離上次長途飛行已經4年多了,連機場長什麼樣子都快記不得了,所以走錯路,停錯停車場,讓這次的沙巴行在驚滔骸浪中開始,到了機場離最後登機時間只剩下15分鐘了。不過,這樣的緊張在通關後就不復存在了,這次是跟團行動,大小事有人幫忙打理,只要上了飛機,就一切任由發落就是了。
是因為經濟不好嗎?這次坐的馬航實在點遜,餐點及服務都令人不是很滿意,突然想念華航的服務(雖然那是要賭命的)。
下了飛機,等著出關的旅客大排長龍,讓人想到峇里島,隊伍前進緩慢,中途還停了兩次電,雖然亞庇機場建築很現代化,可是軟體上好像沒有跟上。
下了飛機,交通車已經準備好了,坐上車穿過市區往會場所在的香格里拉飯店前進,馬來西亞是英式的系統,所以是左駕,沙巴洲有1.4個台灣大,但是人口比台北少,地廣人稀,出了如小鎮規摸的市中心,一路上越走越荒涼,出發前已經知道會場前不著村,很不著店,一路看來逃脫的機會渺茫。
一路上還有一些傳統的建築,高腳屋,高腳的設計可以防潮,防蟲,防獸,而房屋的下面還可以作聚會的場所,養些家禽或者停車,在熱帶多雨的馬來西亞,就連新穎的水泥建築也保留了樣的設計,可惜此行過路匆忙,沒有機會照那些高腳別墅。
經過了一個小時的車程,我們終於來到了開會的飯店,開始了軟禁的生活,雖然不自由,但是我必須承認,這次大會保留給我們的房間相當優,設備好不在話下,更讚的是我房子可是正對海灘的海景特別席,傍晚坐在房間裡特別設置的貴妃椅上,就可以享受,號稱世界三大夕陽美景之一的沙巴落日。不過,今天下年就開始下雨了,海上一片灰白。
安頓好之後,也差不多是Opening 的晚宴了,地點就在海邊,沙灘擺上了桌椅,星光下用餐,是很羅曼蒂克的,可惜天公不作美,有點微雨。
開始的火舞只是開味小菜而已,精采的還在後面,當汽油彈引然了營火(註一),宴會進入最高潮!然後,開始享用別緻的海灘晚宴,只不過,咬了一口焦黑的BBQ,心情從高潮變得有點低潮。
註一:
原本的營火設計是有那兩位拿火把的勇士,點然地上的引信,一路燒向營火,可是下了雨打濕了引信,一直點不起來,結果越點越近,最後來到了營火旁,直接點營火,結果營火汽油灑太多了,像汽油彈一樣轟然爆起火球,嚇的點火人踉嗆後跳,我想勇士腰間的獸皮應該濕了。
那麼,我們這些的搞基因體分析的未來在那裡呢?以現在這個時間點來看,New generation sequence (NGS)是最有希望的明日之星。不遠千里來到馬來西亞,便是來刺探NGS 目前發展的近況,決定未來發展的方向。至於NGS 未來發展以及近況,參加完會議感覺很震撼,因為台灣已經遙遙落後我們的對手,一大段距離了。關於這個嚴肅的問題,我還沒有想清楚,有些資料也還沒有收集全,但我整理好了再來跟大家報告,所以先來聊聊這次沙巴行看到一些有趣的事。
##ReadMore##距離上次長途飛行已經4年多了,連機場長什麼樣子都快記不得了,所以走錯路,停錯停車場,讓這次的沙巴行在驚滔骸浪中開始,到了機場離最後登機時間只剩下15分鐘了。不過,這樣的緊張在通關後就不復存在了,這次是跟團行動,大小事有人幫忙打理,只要上了飛機,就一切任由發落就是了。
是因為經濟不好嗎?這次坐的馬航實在點遜,餐點及服務都令人不是很滿意,突然想念華航的服務(雖然那是要賭命的)。
下了飛機,等著出關的旅客大排長龍,讓人想到峇里島,隊伍前進緩慢,中途還停了兩次電,雖然亞庇機場建築很現代化,可是軟體上好像沒有跟上。
下了飛機,交通車已經準備好了,坐上車穿過市區往會場所在的香格里拉飯店前進,馬來西亞是英式的系統,所以是左駕,沙巴洲有1.4個台灣大,但是人口比台北少,地廣人稀,出了如小鎮規摸的市中心,一路上越走越荒涼,出發前已經知道會場前不著村,很不著店,一路看來逃脫的機會渺茫。
一路上還有一些傳統的建築,高腳屋,高腳的設計可以防潮,防蟲,防獸,而房屋的下面還可以作聚會的場所,養些家禽或者停車,在熱帶多雨的馬來西亞,就連新穎的水泥建築也保留了樣的設計,可惜此行過路匆忙,沒有機會照那些高腳別墅。
經過了一個小時的車程,我們終於來到了開會的飯店,開始了軟禁的生活,雖然不自由,但是我必須承認,這次大會保留給我們的房間相當優,設備好不在話下,更讚的是我房子可是正對海灘的海景特別席,傍晚坐在房間裡特別設置的貴妃椅上,就可以享受,號稱世界三大夕陽美景之一的沙巴落日。不過,今天下年就開始下雨了,海上一片灰白。
安頓好之後,也差不多是Opening 的晚宴了,地點就在海邊,沙灘擺上了桌椅,星光下用餐,是很羅曼蒂克的,可惜天公不作美,有點微雨。
開始的火舞只是開味小菜而已,精采的還在後面,當汽油彈引然了營火(註一),宴會進入最高潮!然後,開始享用別緻的海灘晚宴,只不過,咬了一口焦黑的BBQ,心情從高潮變得有點低潮。
註一:
原本的營火設計是有那兩位拿火把的勇士,點然地上的引信,一路燒向營火,可是下了雨打濕了引信,一直點不起來,結果越點越近,最後來到了營火旁,直接點營火,結果營火汽油灑太多了,像汽油彈一樣轟然爆起火球,嚇的點火人踉嗆後跳,我想勇士腰間的獸皮應該濕了。
Lucas,
回覆刪除很羨慕你去參加了這個會議, 我看了你的網誌才知道有這個會議,
因為非常需要, 冒昧問一下, 能否跟你要幾個talk的投影片呢?
Genomic and Targeted Sequencing at the Broad Institute using the Genome
Analyzer
Integrated analysis of genetic and epigenetic alterations in liver cancer
Novel regulatory mechanisms in the mammalian transcriptome
感激不盡
謝謝您的回覆,
回覆刪除我很想知道RNA-Seq的結果要怎麼分析比較妥當,
是單純用illuminca的軟體分析呢? 還是有更複雜的分析方法?
這些小片段要拼起來產生transcriptome, 有太多問題要解決,
想知道人家都怎麼解決或是挑出重要的結果
我參加過幾次ISMB都是透過poster的方式, 實在是獲益良多,
這次的會議我太晚知道, 不然是很想去Europe或是American的其中一場
板主回覆:
回覆刪除呵,覺得有需要就爭取吧!學校有些補助,你可以透過貼 poster 或發表研究結果的方法去申請,不過,即便有些funding 自己還是要花上一大筆錢,這一方面的投資我認為是很值得,有時我們也會自費參加,走一趟視野會很不一樣,這在生涯上是很重要的。
這次會議並沒有詳細書面資料,連 abstract 都很隨便,你說的那三場我不確定有拍到他們的slide, 我可以給你program book, 或者你想知道什麼,我看看腦子裡還有沒有殘渣可以倒給你。